Het gebied Eemmeer & Gooimeer Zuidoever is van belang voor het behoud van de Europese biodiversiteit. Daarom is het aangewezen als Natura 2000 gebied. Het is samen met de andere delen van het IJsselmeergebied een belangrijk leefgebied voor kale grondbroeders én voor doortrekkende en overwinterende watervogels.
Het Eemmeer & Gooimeer Zuidoever heeft afwisselende leefgebieden, waardoor vogels broedplekken, rustplekken en voedsel kunnen vinden. In het open water kunnen vogels rusten, voedsel verzamelen en drinken, veilig voor roofdieren op het land. Langs oevers en in het ondiepe water vinden ze voedsel en beschutting tegen wind.
In het gebied zijn goed ontwikkelde en bereikbare mosselbanken. Ook is er een gezonde populatie vis en zijn er grootschalige velden met waterplanten. Rondom het Natura 2000 gebied liggen akkers en agrarische graslanden waar de dieren voedsel kunnen vinden. Dit alles maakt het een erg belangrijk gebied voor verschillende watervogels. Als doortrekgebied, overwinteringsgebied of om het hele jaar te verblijven.
Ten oosten van de Stichtse Brug biedt het gebied een belangrijke broedlocatie voor de visdief. Het is één van de weinige kale zandgronden in de omgeving. Visdieven die elders voedsel verzamelen, bijvoorbeeld bij het Markermeer, broeden hier.
Menselijke activiteiten
Activiteiten van mensen in het Eemmeer & Gooimeer Zuidoever kunnen van invloed zijn op de natuurwaarden in het gebied. Daarom zijn de huidige activiteiten en het beheer in het gebied geïnventariseerd. Het beheerplan geeft aan weke ruimte er is voor de activiteiten van mensen en hoe de natuurwaarden daarbij gerespecteerd en verder ontwikkeld kunnen worden.
