In het gebied Botshol vormden zich in het verleden moerassen en daarin ontstond een dik veenpakket. Net als in andere delen van Nederland nam rond 1700 de vraag naar turf als brandstof toe en werden grote delen van Botshol intensief afgegraven. Zelfs onder zeespiegelniveau. Botshol veranderde hierdoor in een gevarieerd gebied, met grote verschillen tussen diep en ondiep water, verlande petgaten, legakkers, rietlanden en moerasbos. Door de behoefte aan landbouwgrond rond 1850, werd een deel van de plassen en meren in de omgeving van Botshol drooggemalen. Zo ontstond de polder Groot Mijdrecht ten zuiden van Botshol dat zes meter lager ligt dan Botshol.
Na de Tweede Wereldoorlog nam de landbouw toe en ook de bemesting van het gebied. Om de natuurwaarden te behouden, werd eind jaren tachtig het watersysteem van Botshol geïsoleerd van de omliggende polders en werden maatregelen genomen om het water dat het gebied werd ingelaten te zuiveren. Toch nam de druk op natuurgebied door economische activiteiten en landbouw steeds meer toe. De instroom van fosfaat en stikstof heeft gevolgen voor de waterkwaliteit. Vanwege de hoge ligging ten opzichte van de omliggende lage polders, moet er constant water van minder goede kwaliteit worden ingelaten omhet water op peil te houden.
Doelsoorten
In Botshol komen de volgende habitattypen en doelsoorten voor die beschermd moeten worden:
• Kranswierwateren
• Meren met krabbenscheer en fonteinkruiden
• Moerasspirea
• Glanshaverhooilanden
• Veenmosrietlanden
• Hoogveenbossen
• Galigaanmoerassen
• Kleine modderkruiper
• Meervleermuis
Beheerplan
Voor Botshol is net als voor andere Natura 2000-gebieden een beheerplan opgesteld. Daarin staat welke maatregelen nodig zijn om de bijzondere natuur te herstellen en om de natuurdoelen voor het gebied te halen. Het beheerplan loopt van 2018-2024. Op dit moment worden voorbereidingen gestart voor het opstellen van een nieuw beheerplan.
Beheerplan Botshol